I campioni TEM sono molto sottili e quindi non mostrano segnali provenienti dalla massa. Ciò consente una migliore imaging superficiale e una maggiore risoluzione spaziale.
Questi sono chiari vantaggi per gli studi SEM / EDX di film sottili, dispersioni fini, inclusioni, precipitazioni e materiali a bassa Z.
Un SEM o meglio FESEM può anche essere usato per controllare campioni o lamelle TEM realizzati con un FIB prima di inserirli in un TEM.